Vì sao lại dùng have? Ta có cấu trúc have + danh từ + V-ed/iii, nghĩa là “làm cho cái gì đó được làm gì đó”. Ví dụ:

○ I will have my car fixed.
= Tôi sẽ làm cho xe của tôi được sửa.
= Tôi sẽ đem xe đi sửa.

Vậy trong câu em hỏi thì:

○ have your article published
= làm cho bài của bạn được xuất bản

Còn agree to nghĩa là “đồng ý đối với cái gì đó”, nên phía sau nó phải là danh từ. Vì vậy, ta phải dùng V-ing để đóng vai trò là danh từ. Vậy ta mới có:

○ agree to having your article published
= đồng ý với việc làm cho bài của bạn được xuất bản

Còn câu em hỏi:

” Ở chỗ …your article published in our upcoming issue tại sao người ta lại không dùng câu bị động thầy nhỉ? Tại em thấy chủ ngữ là chỉ vật và nó phải được xuất bản chứ tờ báo không thể tự xuất bản. Vậy em có thể viết lại như sau được không ạ: …your article will be published in our upcoming issue.”

Thì thứ nhất là chủ động hay bị động thì KHÔNG liên quan gì đến chủ ngữ chỉ vật hay chỉ người nhé em. Người vật gì thì cũng có thể là chủ động hay bị động.

Thứ hai, em không thể ghi will be published ở đây được. Ở đây, your article không phải là chủ ngữ, nên động từ đi theo nó không thể làm vị ngữ được. Vì vậy, động từ publish không thể chia thì được. 

Khi nào đoạn đó là chủ ngữ – vị ngữ thì em mới viết vậy được. Ví dụ, khi nó đứng riêng thành một câu như sau:

○ Your article will be published in our upcoming issue.
= Bài của bạn sẽ được xuất bản trong số sắp ra của chúng tôi.

Thứ ba, chữ published trong having your article published đã là bị động rồi, chứ không phải chủ động nhé. Ở đây nó được xem như một tính từ mô tả cho danh từ article. Động từ V-ed mà không làm vị ngữ thì được xem như tính từ và mang nghĩa bị động.

○ have your article published
= làm cho bài của bạn được xuất bản

Khi nào V-ed làm vị ngữ của một câu hoặc vế câu thì mới là chủ động. Ví dụ:

○ The company published the report.
= Công ty đã xuất bản bài báo cáo.